電子顯微鏡由電子光學系統、真空系統和供電系統三部分組成，下面分別介紹三部分：
一、電子光學系統
1、電子光學系統主要有電子槍、電子透鏡、樣品架、熒光屏和照相機構等部件，這些部件通常是自上而下地裝配成一個柱體。
2、電子槍是由鎢絲熱陰極、柵極和陰極構成的部件。它能發射并形成速度均勻的電子束，所以加速電壓的穩定度要求不低于萬分之一。
3、電子透鏡是電子顯微鏡鏡筒中*重要的部件，它用一個對稱于鏡筒軸線的空間電場或磁場使電子軌跡向軸線彎曲形成聚焦，其作用與玻璃凸透鏡使光束聚焦的作用相似，所以稱為電子透鏡。現代電子顯微鏡大多采用電磁透鏡，由很穩定的直流勵磁電流通過帶極靴的線圈產生的強磁場使電子聚焦。
二、真空系統
為了保證真在整個通道中只與試樣發生相互作用，而不與空氣分子發生碰撞，因此，整個電子通道從電子槍至照相底板盒都要置于真空系統之內，一般真空度為10-4～10-7毫米汞柱。
三、 供電系統
透射電鏡需要兩部分電源：一是供給電子槍的高壓部分，二是供給電磁透鏡的低壓穩流部分。電源的穩定性是電鏡性能好壞的一個很重要的標志。所以，對供電系統的主要要求是產生高穩定的加速電壓和各透鏡的激磁電流。近代儀器除了上述電源部分外，尚有自動操作程序控制系統和數據處理的計算機系統。
