顯微鏡使用前，S先要把顯微鏡的目鏡和物鏡安裝上去。目鏡的安裝極為簡單，主要的問題在于物鏡的安裝，由于物鏡鏡頭較貴重，萬一安裝時螺紋沒合好，易摔到地上，造成鏡頭損壞，所以為了保險起見，安裝物鏡時用左手食指合中指托住物鏡，然后用右手將物鏡裝上去，這樣即使沒安裝好，也不會摔到地上。
對光是使用顯微鏡時很重要的一步，有些人在對光時，隨便轉一個物鏡對著通光孔，而不是按要求一定用低倍鏡對光。轉動反光鏡時喜歡用一只手，往往將反光鏡扳了下來。所以一定要強調用低倍鏡對光，當光線較強時用小光圈，平面鏡，而光線較弱時則用大光圈，凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動，當看到均勻光亮的圓形視野為止。光對好后不要隨便的移動顯微鏡，以免光線不能準確的通過反光鏡進入通光孔
顯微鏡清洗方法：
光學玻璃用于儀器的鏡頭、棱鏡、鏡片等。在制造和使用中容易沾上油污、水濕性污物、指紋等，影響成像及透光率。清洗光學玻璃，應根據污垢的特點、不同結構，選用不同的清洗劑，使用不同的清洗工具，選用不同的清洗方法。清洗鍍有增透膜的鏡頭，如照相機、幻燈機、顯微鏡的鏡頭，可用20%左右的酒精和80%左右的醚配置清洗劑進行清洗。清洗時應用軟毛刷或棉球沾有少量清洗劑，從鏡頭中心向外做圓運動。切忌把這類鏡頭浸泡在清洗劑中清洗，清洗鏡頭時不要用力擦拭，否則會損傷增透膜，損壞鏡頭。
