在使用顯微鏡獲取顯微鏡成像、拍攝顯微鏡圖片時，需要按照一定的操作規范來操作才能獲得Z佳效果的顯微鏡拍攝圖，以下介紹的幾點是要做到的。
1.使用顯微鏡時，被檢物體做的較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合國標等。
2.顯微鏡物鏡按檔次可分為約6-8個檔，Z常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
3.聚光鏡孔徑光欄，盡量和物鏡的數值孔徑相符。才能得到Z佳的圖像分辨率。
4.調焦系統作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸顯微鏡的操作者，熟練的使用調焦系統，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
5.載物臺在觀察切片時，常做X,Y的移動。如：雙層的機械移動平臺，精度和穩定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。
6.非球面集光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度很好。
7.視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡（奧林巴斯）倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
8.照明系統如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度極高的顯微圖像。
9.采用柯拉照明系統，能調節光學的中心像。科研級的顯微鏡均采用此系統，為鏡檢和專業數碼顯微成像系統，提供優質的顯微照片。
