在實際操作中，偏光顯微鏡 的上下偏振鏡的振動方向要互相正交，或東西或南北方向，各自與目鏡十字絲的橫、縱向一致。有時只用一個下偏振鏡來觀測，必須確定下偏振鏡的振動方向，因此操作時要對偏振鏡進行校正。
1、目鏡十字絲的檢測
要檢查目鏡十字絲是否正交，以及是否與上下偏振鏡振動方向一致。同時選一塊解理很好的黑云母，移至目鏡十字絲的中心，將解理縫平行于十字絲的一根絲，記下載物臺的刻度數，再轉動物臺使解理縫平行于另一十字絲，記下載物臺的刻度數，兩個刻度數之差為90°，說明十字絲正交。
2、下偏振鏡振動方向的確定和校正
用黑云母來檢查下偏振鏡的振動方向，是因為黑云母是一種分布廣泛的透明礦物，在單偏光下很有特征。首先找一塊解理和清晰的黑云母，移至目鏡十字絲中心，推出上偏光鏡，轉動載物臺一周，觀察黑云母顏色的變化，因為黑云母對解理方向的振動光吸收*強，所以當黑云母顏色達到Z深時，解理縫的方向就是下偏光鏡的振動方向。
3、上下偏振鏡正交的校正
下偏振鏡的方向校正好之后，取下薄片，推入上偏振鏡，觀察視域是否全黑即是否處于消光狀態。如果全黑，則表明上下偏光的振動方向互相正交。否則，上偏振鏡須進行校正，即轉動上偏振鏡，使視域達到Z暗為止。轉動時先松開上偏振鏡的止動螺絲，校正好后再擰緊。
