電子顯微鏡不能看到原子內部的結構。原子(atom)構成化學元素的基本單元和化學變化中的*小微粒，即不能用普通的化學變化再分的微粒。電子顯微鏡可觀測到原子，但直接觀察原子內部結構（原子核及電子云）卻極為困難。
電子透鏡用來聚焦電子，是電子顯微鏡鏡筒中*重要的部件。一般使用的是磁透鏡，有時也有使用靜電透鏡的。它用一個對稱于鏡筒軸線的空間電場或磁場使電子軌跡 
向軸線彎曲形成聚焦，其作用與光學顯微鏡中的光學透鏡（凸透鏡）使光束聚焦的作用是一樣的。
電子顯微鏡的種類和用途：
電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。
透射式電子顯微鏡常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質結構；掃描式電子顯微鏡主要用于觀察固體表面的形貌，也能與X射線衍射儀或電子能譜儀相結合，構成電子微探針，用于物質成分分析；發射式電子顯微鏡用于自發射電子表面的研究。
